מקור המנגינות של הקהילות האיטלקיות הספרדיות בפיוט ובתפילה (למשל הקהילות בליוורנו ופירנצה) הוא מגוון. חלק מהלחנים הולחנו בידי אנשי הקהילה בתקופות השונות. סבי, סילביו דלה טורה, יליד שנת 1919 בליוורנו, סיפר לי על מנגינת "השכיבנו" חדשה שהולחנה בימיו, עבור ימי חג השבועות. למרבה הצער הוא לא זכר את המנגינה, והיא כנראה אבדה. אך רבות מהמנגינות נשאבו מהסביבה שהקיפה את הקהילה, ככל הנראה משלושה מקורות עיקריים.
חלק מהמנגינות נשמרו בקהילה, על פי האמונה הרווחת, עוד מהתקופה שקודם גירוש ספרד ב־1492. מנגינות אלו אמנם עברו שינוי עם השנים, בהתאמה לסגנון האיטלקי, אך עדיין שמרו על בסיס הלחן המקורי. אכן, ניתן למצוא מנגינות של הקהילה, שדומות באופן מובהק למנגינות של מגורשי ספרד יוצאי צפון אפריקה. מנגינת "השכיבנו" בתפילת ערבית של שבת היא דוגמא טובה למקרה כזה.
ניתן לשים לב להבדל בסגנון שהושפע מהסביבה, האיטלקים הספרדים נתנו למנגינה סגנון בעל גוון כנסייתי־נוצרי, ויהודי צפון אפריקה נתנו למנגינה סגנון מסגדי־מוסלמי. כמקור נוסף לתופעה, נציין שהאיטלקיים הספרדים שרים את אותם חלקים בתפילה כמו הספרדים יוצאי צפון אפריקה. לדוגמא האיטלקים הספרדים שרים את הקטע של "ראו בנים" עד "עושה פלא" בתפילת ערבית של שבת, בדומה לספרדים יוצאי צפון אפריקה, לעומת האיטלקים ברומא, אשר אינם שרים קטע זה בתפילה.
מקור נוסף למנגינות של הקהילה האיטלקית הספרדית בליוורנו הוא הקהילות היהודיות הנוספות באיטליה כמו יהדות רומא (המנהג המכונה איטליאני). מנגינות רבות משותפות לכל הקהילות של יהודי איטליה, ספרדים ואיטליאנים גם היום. לדוגמא המנגינה של שירת הים ושל "לכה דודי". בנוסף ניתן לציין את המנגינה של "מזמור לדוד" בקבלת שבת, אשר מקורה בקהילה בליוורנו, ומשם הופצה גם לקהילה היהודית ברומא, וגם לקהילות היהודיות ברחבי העולם. כיום זוהי המנגינה המוכרת של המזמור בקהילות רבות, בשינויים מינוריים שעברה המנגינה בכל קהילה עם השנים (להרחבה לגבי מקורותיו של הלחן ל"מזמור לדוד").
המקור השלישי של המנגינות הוא השפעה של הנוצרים ומנגינות הכנסייה. ניתן ללמוד זאת מהסגנון של המנגינות (שנשמע כנסייתי), כמו למשל המנגינה של "הללויה הללו אל בקודשו" בתפילת ערבית של ראש השנה, שנשמעת בסגנון המתאים לכנסיה, ואולי נלקחה ממש ממנגינה נוצרית או המנגינה של "למנצח על הגיתית לאסף הרנינו לאלוהים עוזנו" בתפילת ערבית של ראש השנה.
ראיה נוספת לכך ניתן למצוא בספר "כרך של רומי" (סימן א') שכתב ר' ישראל משה חזן (1808–1862, מגדולי איטליה), והודפס בעיר ליוורנו במאה ה־19, שמתיר לשיר בבית הכנסת את הפיוטים במנגינות שבאו מבתי עבודה זרה, וסובר שאין טומאה במנגינות, וגם מוסיף שכן נהגו במקומם. ניתן לראות שאכן השתמשו בליוורנו במנגינות שמקורן בכנסיות.
בקהילת הספרדים יוצאי איטליה ישנן מנגינות המתאימות עבור כל אחד מהחגים ונוכחות בהם בהיקרויות שונות. בחג הסוכות, לדוגמה ישנן מנגינות עבור הפיוטים של ההקפות בשמחת תורה, ואותן מנגינות משמשות את התפילות וברכת המזון בכל ימי חג הסוכות. למשל המנגינה של הפיוט "יונה מה תהגי... חגיך חגי..", משמשת גם כמנגינה עבור "מן המצר" בתפילת ההלל בחג, גם עבור "ראו בנים" בתפילת ערבית של חג, וגם עבור הקטע "נער הייתי" בברכת המזון. בפסח ישנה מנגינה עבור "בצאת ישראל ממצרים" בהלל, שגם משמשת עבור "ראו בנים" בתפילת ערבית של חג, וגם עבור "שוועת עניים" בתפילת שחרית בו.