השואה
בדברי הימים של המין האנושי מוכרת השואה שהתרחשה באירופה בזמן מלחמת העולם השנייה (1945-1939) לגדול הפשעים שביצע עם אחד באחר, ולאירוע חסר כל תקדים היסטורי – הן מבחינת ההיקף, הן מבחינת הטכנולוגיה הרצחנית שבה נעשה שימוש והן מבחינת הנכונות של גרמניה הנאצית, עוזריה, משתפי פעולה ושלטונות בעלי בריתה להשמיד כל זכר חי לקיומו של העם היהודי מעל פני האדמה.
בספרייה הלאומית שמורים פריטים רבים הקשורים לשואה, ובמיוחד כאלה הקשורים למקומו של הספר בימים של אימה וחורבן.
החומרים מגוונים ומאירים צדדים שונים: הצלת ספרים ערב השואה ובמהלכה, פעילות ההוצאה לאור של ספרים עבריים בארצות שתחת הכיבוש הנאצי, מאמצי ההצלה של ספרים וכתבי-יד מיד לאחר השואה, פריטים הקשורים לקהילות וליחידים שהושמדו בשואה, וספרים של יחידים ששרדו כדי לספר ולהזכיר: ספרי זיכרונות, ספרי עדות ועוד.
כמו כן שמורים בספרייה צילומים, ארכיונים אישיים של שורדי שואה, מוזיקה מהתקופה ותיעוד בעל פה.
תעודות ארכיוניות וחפצים ייחודיים שנוצרו בגטאות, במחנות ריכוז ובמקומות מסתור בימי מלחמת העולם השנייה מספרים באופן ייחודי על הזוועה שהתרחשה בימי רצח העם היהודי. את מכלול התיעוד הזה משלימים פריטים שנוצרו על ידי שארית הפליטה, העקורים והמעפילים שלא איבדו את התקווה והרצון לחיים.