המפגש בין פיוט לתפילה יוצר שאלה הלכתית מיוחדת, שבמידה רבה היא מלמדת על האופן שבו נתפסו מרכיבים אלה: האם אמירת פיוט בתוך מסגרות מוגדרות בתפילה היא רצויה וברוכה, חלק אורגני ממנה, או הפסקה בלתי רצויה, המכונה "הפסק", הפוגע בסדר התקין של התפילה – כמו דיבור שאיננו שייך בה. אמנם הנחת המוצא של השאלה, כי קיימת הבחנה ברורה בין פיוט לתפילה, איננה עומדת במבחן המציאות: זכו פיוטים רבים להיות חלק אינטגרלי מהתפילות – כאלו למשל הם "אל אדון" בברכת יוצר אור, "ישמח משה" מתפילת העמידה, "אל ברוך גדול דעה" ועוד. קטעי תפילה רבים אף הולחנו ונדמים כפיוטים ("ראו בנים"). אולם משלב מסוים שבו התקבע מבנה התפילה, נראה כי "ננעלה הדלת", וכל מה שלא זכה להיכנס עד אז ייבחן דרך השאלה האם ניתן לשלב קטעים שאינם חלק אינטגרלי מן התפילה כפי שנקבעה, בקטע זה או אחר.
אחד המקומות שבהם עולה סוגייה זו ביתר שאת היא הימים הנוראים. במסורות האשכנזיות תוספת הפיוטים היא מקובלת מאוד – בתוך ברכות קריאת שמע, בתוך ברכות העמידה נוספים פיוטים על גבי פיוטים ללא כל חשש (וראו על כך עוד במאמר על היחס לפיוטים בתפילה במסורות אלו). אולם במסורות הספרדיות קיים מקבץ פיוטים ייעודי (הכולל בתוכו פיוטי ריה"ל, רשב"ג ועוד, רבים מהם רשויות לתפילות), וכמתבקש מהדילמה ביחס למעמדם של פיוטים בתפילה, יש שתי גישות מרכזיות באשר למיקום אמירתו:
לפי גישה אחת, הפיוטים נאמרים בין תפילת העמידה בשחרית לקריאה בתורה (מקבץ פיוטים אחר, קצר יותר, נאמר בחלק מהמסורות בין תפילת העמידה לחזרת הש"ץ. יש המקפידים שהש"ץ עצמו לא יאמר אותם מחשש הפסק, אלא אדם אחר, המכונה "סומך"). בשלב זה, שאיננו נמצא בתוך מבנה תפילה מסוים, אלא לאחר תפילת העמידה של שחרית ולפני הקריאה בתורה, אין חשש הפסק.
לפי גישה אחרת, הפיוטים נאמרים בתוך פסוקי דזמרה. אמירתם ביחידה זו, הפותחת בברכה (ברוך שאמר) ומסיימת בברכה (ישתבח) משקפת את העמדה שאין חשש הפסק באמירת פיוטים אלו, אף על פי שבשאר ימות השנה אינם חלק מפסוקי דזמרה. העובדה שחלק מהפיוטים הם "רשויות" כאמור – פיוטים הנועדו להיאמר לפני יחידות שונות (נשמת, ישתבח, קדיש) מחזקת עמדה זו.
גישה אחרת, הנהוגה אצל הרב יהודה פתיה, היא אמירת מקבץ הפיוטים לפני ברכת "ברוך שאמר". בשלב זה של התפילה טרם נאמרה ברכה כלשהי, ואמירת הפיוטים אינה יוצרת הפסק, שכן היא מצטרפת לחטיבת מזמורי התהלים הנאמרת לפני ברכת "ברוך שאמר". על פי דברי הרב יהודה פתיה, מנהג זה התקבע בימי ר' יוסף חיים, הבן איש חי, שחי במאה הי"ט בבגדד. לדעתו, אמירתם של הפיוטים לאחר תפילת שחרית, בזמן של "ירידת מתח" בקרב המתפללים, כאשר חלקם (בראש השנה) יוצאים לעשות קידוש, איננה נכונה, ועדיף לאמרם לפני ברוך שאמר, בתחילת התפילה, על מנת "להכניס את המתפללים לאווירה", לצד ההימנעות מחשש הפסק.
הבן איש חי לא חתך את זה ככה עם סכין ואמר: זה מפריע לקבלה, להוריד את זה, למחוק מהסידור. לא. הוא אמר תגידו את זה לפני ברוך שאמר. הוא נתן את הכבוד לרבי שלמה אבן גבירול, אבל אמר, במקום שזה יהיה פה, שזה יהיה בהתחלה.
בעדותו הוא מתייחס לחוויה האישית המשמעותית שלו באמירת הפיוטים במקום זה:
היום לקחו את [הפיוטים] לאחרי העמידה. עכשיו מה קורה? זה לא טוב. בגלל שכשאתה אומר את זה, זה כאילו ללבוש את הגופייה על החולצה. כל הרשויות הרי נועדו לפתוח את הלב לתפילה. אז אם אתה לא יכול לעשות את זה תוך כדי בגלל שזה בעיה הלכתית, אז אם תעביר את זה אחורה, אתה עדיין לפני התפילה. אז אתה יצרת איזשהו מהלך לקראת התפילה. כשאתה מעביר את זה אחרי עמידה אז זה כבר מאבד מהאפקט של העוצמה.
ב"מנחת יהודה" שכשאומרים את "שואף כמו עבד" ... זה ממש שעת הבוקר. עוד לפני הנץ החמה עוד מוקדם, ואתה אומר "שואף כמו עבד" אתה מרגיש שמה שעשה הבן איש חי זה היה דבר מאד נכון. זה יוצר עוצמה מאד גדולה להתחיל את התפילה עם "שואף כמו עבד" ... אתה מרגיש ממש כאילו יורדת עליך אימה וייראה ואני בוכה כשאני שר את זה... מרוב התרגשות. ואחרי העמידה אני יודע שזה לא יקרה לי. אחרי העמידה זה יהיה אחרת לגמרי.
חרף כל זאת, המדיניות המתנגדת לשילוב אמירת פיוטים בתחילה איננה דיכוטומית. כבר בראש עמדנו על כך שהאבחנה בין פיוט לתפילה היא גמישה, ויש פיוטים שהפכו לחלק בלתי נפרד מן התפילה. ואמנם סוגיית אמירת מקבץ הפיוטים העלתה דיון רחב, אולם סדר העבודה – שהוא פיוט בפני עצמו, והפיוטים המלווים אותו (לדוגמה: "ארוממך חלקי וחזקי" מאת רבי שלמה אבן גבירול ו"אערוך מדברי דתי" מאת רבי משה בן עזרה; ובסופו "ובכן מה נהדר כהן גדול" ו"אשרי עין ראתה כל אלה") נאמרים מפי הרב יהודה פתיה בקולו, ולא מפי סומך (אדם אחר, המסייע לשליח הציבור, אשר מנוע מאמירת תוכן שאיננו חלק אינטגרלי מן התפילה). זאת חרף העובדה שהם נאמרים בתוך חזרת הש"ץ.