"המימד האנושי שביוצר טוב לו שיהיה מעוגן בעבודת החינוך – זו קושרת את היוצר אל קהליו באופן אורגאני" (ציפי פליישר)
לבד מהלחנה, ציפי פליישר היא אחת התורמות הפעילות ביותר לחינוך המוזיקלי בארץ. היא הייתה בין מייסדי המועצה הפדגוגית של המדרשה למוזיקה במכללת לוינסקי, חינכה והדריכה מחזורי סטודנטים למוזיקה במדרשה והרצתה בקורסי העשרה ובהשתלמויות מורים למוזיקה מטעם הפיקוח על החינוך המוזיקלי במשרד החינוך. מלאכת החינוך שלה במשך 40 שנות הוראה במכללת לוינסקי לחינוך הפכה לשם דבר בקרב עמיתיה ותלמידיה.
פליישר פרסמה מחקרים רבים שבהם פרשה את משנתה החינוכית הדוגלת בהעצמת החוויה המוזיקלית על-ידי העמקה ודיוק בניתוח התיאורטי-מוזיקלי, השלמת ידע מתחומים חוץ-מוזיקליים (היסטוריה, חברה, ספרות, הגות) והתמסרות אישית ומקצועית של מורים לתלמידיהם – קטנים כבוגרים. "בהיותה המופשטת בין האמנויות, נדרשת [למוזיקה] הן דייקנות והן העמקה...חשובה במיוחד ההליכה מן ההתרשמות החושית אל הבחינה של מרכיבי היצירה, ובחזרה - להנאה הניזונה כבר מנדבכי ידע מצטבר...כדי להשלים את התמונה המוזיקלית יש להשקיע מאמץ אף בתמונה החוץ מוזיקלית [של] תכנים רוחניים המצטרפים ללא הרף אל הצלילים גופם...נקיטה פדאנטית זו אל מול אין ספור המדיות שבמוזיקה מקרבת את הלומד אל הבקיאות...[אליה מצטרפת] אמונה בקשר האישי החזק ביותר בין המורה לתלמידו".

ציפי פליישר מלמדת ילדים במעלות תרשיחא (ארכיון ציפי פליישר, MUS 0121)