מקור המילה פנקס ביוונית: πίναξ, כלומר לוח כתיבה. המילה התגלגלה אל העברית דרך לשון חז"ל ולימים קיבלה משמעות של קובץ דפים שנכרכו יחד כספר. בעת החדשה המוקדמת הפכה המילה פנקס שם נרדף לספר רשימות שרשמו יחיד, ארגון או חברה יהודיים, ושימש לתיעוד מגוון עניינים הנוגעים לבני הזמן והמקום. רישום ענייני הציבור בפנקס היה נהוג בקהילות יהודיות ברחבי הפזורה היהודית בארצות האסלאם ובמדינות נוצריות משלהי ימי הביניים עד המאה העשרים. הפנקסים הקהילתיים תיעדו את חיי היום־יום של היחיד בקהילה וכן ידיעות, אירועים ופרשות הנוגעים למרחב הציבורי. בפנקסים רישומים על התנהלות הקהילות עם הרשויות הנוכריות וכן על אורח החיים של הציבור היהודי, ומובאים בהם פרוטוקולים, תקנות והסכמות, רישום של הכנסות והוצאות, תשלום מיסים, חובות, הלוואות ומשכונות. לעיתים נכתבו בפנקסים גם כרוניקות של מאורעות, כמו אסונות, מגפות, מלחמות ומאורעות היסטוריים אחרים, שמנהיגי הקהילה מצאו לנכון לתעד למען ייזכרו.​

​בקהילות ישראל נוהלו פנקסים מסוגים שונים, ביניהם: "פנקסי קהל", שבהם נרשמו תקנות הקהילה או העתקים מתקנות ועדים אזוריים וארציים ותועדו מאורעות ועניינים מיוחדים בתולדות הקהילה; "פנקסי חברות בעלי המלאכה", שבהם חתמו לעיתים חייטים או סנדלרים ב'מסירת קולמוס', כיוון שלא ידעו קרוא וכתוב. נוסף ל"פנקס הקהל הכללי" ול"פנקס בית הדין", ניהלו גופים, מוסדות וארגונים ('חברות') בקהילה פנקסים עצמאיים. פנקסים אלו תיעדו את הפעילות של חברות לימוד ושל התאגדויות מקצועיות. עם פנקסים אלו ניתן למנות את "פנקס חברת גמילות חסדים", "פנקס חברת תהילים", "פנקס חברת משניות", "פנקס חברת הכנסת אורחים", "פנקס חברת ביקור חולים", "פנקס חברה קדישא" ('גמילות חסד של אמת'), "פנקס מוהל", "פנקס בית כנסת", "פנקס גבאי", "פנקס הזכרת נשמות" או "פנקס יזכור" ('פנקס אלמימר'), "פנקס ישיבה", "פנקס חברת הכנסת כלה", "פנקס שטרות שידוכין" (רשימות נדוניה ורישום שידוכים), "פנקס כתובות", ו"פנקס רישום נישואין". כאמור, אגודות בעלי מקצוע ניהלו פנקסים משלהן, וגם לחבורות סוחרים (כל שכן סוחרים יחידים) היו פנקסים, דוגמת "פנקס מלווה בריבית" או "פנקס סוחרי בקר". לעיתים חפפו הרישומים בפנקסי הקהילה את רישומי הארגונים השונים שבה. כך, למשל, במאה השמונה־עשרה שימש בכמה קהילות במזרח אירופה פנקס החברה קדישא גם לתיעוד העניינים שהופיעו בפנקס הקהל. בתפוצות שבהן פעלו ארגונים בין־קהילתיים, שהיו מעין פרלמנטים של נציגי היהודים (ועד הגליל, ועד המדינה, ועדי הארצות), ניהלו גם הם פנקסים. אחד הפנקסים החשובים הללו הוא פנקס ועד נציגי חמש הקהילות הראשיות בדוכסות הגדולה של ליטא. הפנקס שרד במספר עותקים ופרסמו ההיסטוריון שמעון דובנוב (1868–1941). (ראו שמעון דובנוב, פנקס המדינה–או פנקס ועד הקהילות הראשיות במדינת ליטא: קובץ תקנות ופסקים משנת שפ"ג עד שנת תקכ"א, ברלין 1925.)

פנקס הקהילה, שהיה בדרך כלל ספר עב כרס בכריכת עור, נשמר בפזורה בארצות אשכנז ב'חדר הקהל'. הוא שימש בראש ובראשונה מעין ארכיון מיטלטל, ובו רשם סופר הקהילה פרוטוקולים והעתיק לתוכו חומר בענייני כספים וכן מכתבים, כרוזים ורשימות. הלשון שבה נכתבו הדברים בפנקסי הקהילות ייצגה נאמנה את המערכת הדו־לשונית, שאפיינה במשך מאות שנים את החברה היהודית הטרום־מודרנית. אפשר למצוא בפנקסים השונים רישומים בלשון הקודש על רבדיה ההיסטוריים (מקרא, משנה, לשון חכמים, עברית רבנית) ובארמית בבלית לצד רישומים בשפה המקומית, המאפיינת את הקהילה היהודית באזור מסוים (לדינו, יידיש, ערבית־יהודית). עוד מובאים רישומים בשלל שפות מקומיות ולשונות מדינה שהשתנו מארץ לארץ ומתקופה לתקופה.

רישומי הפנקס התחברו לעיתים במשך מאות שנים ויצרו רצף החלטות, סיכומים, מעשים ומאורעות, שעיגנו את קהילות היהודים ברחבי אירופה ובארצות אגן הים התיכון בקרקע המציאות ההיסטורית. מצד אחד, לא היה דבר בעל אופי מקומי יותר מאשר פנקס הקהל של עיירה כלשהי בפולין או בליטא. המעיין בפנקס ימצא בו רישום של מקומות הישיבה בבית הכנסת הקהילתי וכן תיעוד של בתים, חצרות, רחובות, חנויות ושאר נכסים או אמצעי ייצור. תועדו בו לזיכרון עולם בחירות בעלי תפקידים ב'קהל' ומינויים של שכירי הקהילה: גבאים, שמשים, רבנים. עוד מפורטים בו תשלומים, שומות רכוש, מיסים, היטלים, הערכות נזקי שרפות וכן פרטי סכסוכים ומריבות, נוסחי חרמות וכיוצא באלו. כל אלה נרשמו בהקשרם המיידי ובזיקה לסביבה הקרובה ולנסיבות המיוחדות של התקופה. לצד עניינים ארציים אלה נשזרו ברישומי הפנקס ענייני דת ואמונה וכן נושאים הקשורים בסמכות ההלכה ובזיקה המיסטית שקשרה את אנשי הקהילה הקדושה בעבותות על־טבעיים.

לפחות עד אמצע המאה התשע־עשרה נשא הרישום בפנקס אופי טקסי. הטקסט, שהלך והתארך משנה לשנה והשתרע לעיתים על פני מאות עמודים, נערך בדרך כלל בסדר כרונולוגי. הוא חיבר דורות רבים של חברי קהילה – אבות, בנים, נכדים ונינים – וקשר בין החיים למתים. כמה מדפי הפנקסים נחשבו בשעתם חלק מן הספרות ההלכתית שהלכה ונכתבה לאורך מאות שנים. כך, למשל, נרשמו בפנקס ועד ארבע הארצות, הארגון הבין־קהילתי של יהודי מלכות פולין, תקנות 'שנתקבלו מכל עדת בני ישראל כתורה'. כרוניקה והיסטוריוגרפיה מובאים מעל דפי הפנקס לצד העתקי תעודות ומסמכים. לעיתים נשזרו בין דפיו, לצד דפי חשבונות ורשימות מס, פרגמנטים של חיבורים היסטוריים. תיאורי שרפות שכילו את בתי העיר, סיפורי מצוקה, בריחה והצלה בימי מלחמות ושאר מאורעות, פגעים ואסונות – כל אלה נכתבו בפנקס לזיכרון עולם. רשת הפנקסים המסועפת נפרסה ברחבי הפזורה היהודית והשתרעה לצד מערכות השלטון העצמי היהודי בעת החדשה המוקדמת – רשת טקסטואלית של העתקות, ציטוטים, שמות חותמים ואיגרות יוצאות ונכנסות בין קהילות שונות. רשת זו חיברה במשך מאות שנים את מאות הקהילות שהיו פזורות בארצות אשכנז – בין אלזס לאמסטרדם, למינסק ולווילנה – במערך מורכב של פרלמנטים (ועָדים) אזוריים או ארציים.

מעקב אחרי גלגולי הפנקס הקהילתי מימי השלטון העצמי היהודי בפולין־ליטא בעת החדשה המוקדמת עד אחר ביטול ה'קהל' בהוראת האימפריות שבלעו את הממלכה הענקית במזרח אירופה, מציע תובנות יחידות במינן על הקשר בין הזיכרון הקיבוצי היהודי להוויה החברתית. הפנקס – ארכיון רב־תחומי של מידע רב־דורי שנהנה ממעמד קדוש כמעט בחברה המסורתית – שימש ספר החוקים והמשפטים המקומי ומאגר הזיכרון הקהילתי העל־זמני.

​הפנקס, שנשזרו בו ידיעות מידיעות שונות הנוגעות לחיי הקהילה לצד עולם הסוד וההלכה, היה תמצית ההוויה המסורתית של הארגון הקהילתי היהודי. בשלהי המאה השמונה־עשרה התחוללה שורת מהפכות שהחלישו את השלטון העצמי היהודי. המשטרים האבסולוטיים שהתבססו במזרח אירופה, החילו על הקהילות היהודיות רפורמות, שהביאו לשינוי במעמדן וחשפו את היהודים לעוצמת המדינה הריכוזית. בעקבות רפורמות אלה נגזר גם על הקהילות לחדול מלתעד את קורותיהן בפנקסים. התמורות בעת החדשה נגסו במעמדו הקדוש כמעט של הפנקס, וגרמו לשינוי בלשונו ובתכניו ועיצבו מחדש את תדמיתו. כל עוד היה הפנקס מסמך פנימי שרשם אחד מן הארגונים הקורפורטיביים הטרום־מודרניים, ראו בו כל מי שנזקקו למידע שנאצר בין דפיו מעין חפץ מקודש. כשהחלו פרוסיה, אוסטרייה ורוסיה, המדינות שביטלו את עצמאותה המדינית של מלכות פולין-ליטא בשלהי העת החדשה המוקדמת, לקצץ בסמכויות השלטון העצמי היהודי, נעשה 'פנקס הקהל' למסמך חשוד בעיני השלטונות. עתה נדרשו היהודים לנהל את הפנקסים בלשון המדינה כדי שפקידי השלטון יוכלו לפקח על התנהלות נתיניהם היהודים. הרישומים שנרשמו מאוחר יותר בפנקסי הקהילות של הפזורה היהודית בארצות אשכנז, לא נכתבו עוד בלשונות היהודים, אלא בשפת המדינה. הטקסט המכונן של הקהילה, שהיה עד חלוקת פולין מרכיב מוכר ומוסכם של הסדר החברתי הישן ושימש בעת ובעונה אחת לענייני הקהילה ולצורכי הרשויות הפולניות, נעשה כמעט בן לילה למסמך טעון הסתרה. לא מעט מן היהודים המשיכו לדבוק במסמך היסוד של הקהילה האוטונומית, ודבקותם זיכתה את הפנקסים ביוקרה מסוג חדש ואף עוררה את ההתנגדות הפנימית למה שנחשב גזרות המלכות. בתודעתם של רבים בקרב יהודי מזרח אירופה חברה הדבקות במסורת תיעוד חיי הקהילה בפנקס לשורה ארוכה של צעדים שנועדו להתגונן מפני פגעי הזמן החדש. הפנקס הוצג ככלי נשק במלחמה שלחם עולם האתמול השוקע במחדשים למיניהם – משכילים, מתנגדי שלטון ה'קהל' והמבקרים את יחסם של היהודים לבני עמים אחרים. בה בעת החלו ראשוני תנועת ההשכלה במזרח אירופה, שאימצו במידת מה את דעותיהם השליליות של פקידי השלטון הפרוסים, האוסטרים והרוסים על האוטונומיה היהודית, להציג ביצירותיהם את הפנקס בצורה נלעגת. הם בחרו להציגו כמוקד ביקורת נוסף על סדרי החברה היהודית. בהצגה הסאטירית של הפנקס חתר המשכיל הביקורתי תחת הזיכרון הקיבוצי המכונן של החברה היהודית במזרח אירופה.

הדימוי השלילי שדבק בשלטון העצמי היהודי, חלחל לתודעתם של מבשרי המחקר ההיסטורי שעשו שימוש בפנקסים. משהחלה האנטישמיות המודרנית להתפשט באימפריה הרוסית, נעשה ה'קהל', שבוטל רשמית בשנת 1844, סמל אנטי־יהודי מובהק בשיח הציבורי. פנקס ה'קהל' החל לשמש מקור חשוב בחשיפת הנזק שהיהודים גורמים לחברה ולמדינה. בשנות השישים והשבעים של המאה התשע־עשרה קיבל פנקס הקהל ממדים אימתניים בדעת הקהל הרוסית. 'פנקס הקהל' של מינסק, שקטעים מתוכו פרסם בתרגום לרוסית המומר יעקב ברפמן ב'ספר הקהל' (ברוסית: 'קניגה קגלה'), הזין מאמרים אנטישמיים רבים בעיתונות בת־הזמן וגרם לאנשי האינטליגנצייה היהודית־רוסית החדשה להירתע מעיסוק בטקסטים שנגעו לשלטון העצמי היהודי. כמה מאנשי

האינטליגנצייה היהודית הרוסית לא ראו בפנקסי הקהילות היהודיות במזרח אירופה עניין ראוי לטיפוח או עניין שיש בו תועלת ליהודים. אולם בה בעת התעורר בקרב קבוצה אחרת של אנשי אינטליגנצייה יהודית במזרח אירופה עניין בהיסטוריה הקהילתית. משכילים ולמדנים החלו להשתמש בפנקסים הקהילתיים לכתיבת תולדות הקהילות במזרח אירופה.

בשלהי המאה התשע־עשרה השיב דור חדש של היסטוריונים את הפנקס למקום הראוי לו בחקר חיי החברה והכלכלה של קהילות היהודים בארצות מושבן. לאחר עשרות שנים שבהן נחשב פנקס הקהילה מסמך חשוד ומביך, החלו היסטוריונים להציגו כטקסט מכונן לכתיבת תולדות היהודים. חוקרים שאימצו את רעיונות הלאומיות היהודית המודרנית, ביקשו למצוא בין דפי פנקסי הקהילות והחברות השונות ביטוי לרוח הלאומית היהודית שהשתמרה בקהילות היהודיות בגולה בעת החדשה המוקדמת. היסטוריונים אלה 'הלאימו' את הפנקס, ממש כמו שעשו לרכיבים אחרים בתרבות היהודית הטרום־מודרנית. בשנת 1891 פרסם שמעון דובנוב קול קורא בשם 'נחפשה דרכינו ונחקורה', ובו פנה ליהודי מזרח אירופה לאסוף חומרים היסטוריים ולדלות מתוך הפנקסים ידיעות, שבהן יכול החוקר העברי להשתמש בעת כתיבת תולדות היהודים. ואכן, במהלך המאה העשרים נכתבו באירופה, באמריקה ובארץ ישראל מחקרים היסטוריים חשובים שביררו סוגיות דתיות, תרבותיות, חברתיות וכלכליות שונות על יסוד הכתוב ב'פנקסי הקהל' ופנקסי החברות והוועדים. במהלך אותה מאה נחרבו קהילות יהודיות בגולה, חוסלו מרכזי מחקר היסטוריים, ושרידיהם התערו בארצות חדשות. שואת יהודי אירופה ודיכוי התרבות היהודית תחת המכבש הסובייטי פגעו אנושות בחקר הקהילה היהודית האוטונומית הטרום־מודרנית.

רבים מפנקסי הקהילות אבדו בפורענויות שהמיטה העת החדשה על הפזורה היהודית. מוסכם כי מאות מהם שרדו מהשואה, וכמה מאלו ששרדו, נמצאים בידי אספנים. אך נראה כי היום רוב הפנקסים הקהילתיים שמורים בספריות ובארכיונים באירופה, בצפון אמריקה ובמדינת ישראל. פנקסים אלו הם תיעוד מקורי אמין ועשיר התורם לחקר המבנה הארגוני של הקהילות וכן תולדות הדת, התרבות, הכלכלה וחיי החברה.

מאה ועשרים שנה לאחר שפרסם דובנוב את הקול הקורא, נוסד מאגר הפנקסים, שנועד לטפח ולקדם את השימוש בפנקסי הקהילות לצורכי מחקר. אתר המיזם מציג לחוקרי תולדות עם ישראל בעת החדשה המוקדמת פנקסי קהילה מארצות אשכנז מאותה תקופה השמורים בספרייה הלאומית ובארכיון המרכזי לתולדות העם היהודי בירושלים.